平安时代，世界分为阳面和阴面，阳面的世界为阳界，反面为阴界。阳界是人类生活的现实世界的阳面，其间具有特殊能力的人类可以研习阴阳术、打开阴阳之眼，看到世界的阴面，这类人就是阴阳师。阴阳两界都有妖怪，阴阳师通过与妖怪签订契约将其收复成为式神，通过法术和式神的帮助干预阴阳两界之事，维持阴阳平衡。

安倍晴明就是阴阳师的代表，他为了保持自身的正义力量不被内心深处的邪念所污染，使用秘术将其中一部分意识分离出去，由此形成了白晴明与黑晴明两个人。

黑晴明深知处于阴界的妖怪的无助悲伤以及人类的傲慢对他们的不公正待遇，在八岐大蛇的蛊惑下他希望打开阴界的大门，让阴界的妖怪们能够重返并现世阳界。晴明不愿看到现世阳界因为阴界大门开启破坏阴阳平衡，导致生灵涂炭。于是由晴明率领的式神们和黑晴明率领的阴界式神们在平安京为了自己的信念展开了最后的决战。